如果按肥料的来源来分，肥料可分为农家肥和化肥两类。 农家肥大多是有机肥料。农家肥的种类繁多（如人粪尿、牧畜粪尿和厩肥、绿肥、堆肥和沤肥等），而且来源广、数量大，便于就地取材，就地使用，成本也比较低。
有机肥料的特点是所含营养物质比较全面，它不仅含有氮、磷、钾，而且还含有钙、镁、硫、铁以及一些微量元素。这些营养元素多呈有机物状态，难于被作物直接吸收利用，必须经过土壤中的化学物理作用和微生物的发酵，分解，使养分逐渐释放，因而肥效长而稳定。另外，施用有机肥料有利于促进土壤团粒结构的形成，使土壤中空气和水的比值协调，使土壤疏松，增加保水、保温、透气、保肥的能力。
农家肥虽然含营养成分的种类比较广泛，但是含量比较少，而且肥效较慢，不利于作物的直接吸收。农家肥料的这些弱点却正是化肥的优点。化肥中的营养元素含量比较高，例如：1 kg碳铵中的含氮量相当于25 kg～30 kg人粪尿；1 kg普钙的含磷量相当于60 kg～80 kg厩肥；1 kg硫酸钾所含的钾素相当于草木灰10 kg左右。
化肥大多易溶于水，施入土壤后能很快被作物吸收，肥效快而显著。如用氨水作追肥，能使黄瘦矮小的秧苗在很短时间内返青。另外，制造化肥的原料来源很丰富，例如，生产氮肥所需的空气和水是取之不尽的，其他原料像煤、石油等在我国的贮量也很多。
因此，化肥可以大量生产并普遍推广、施用。 与农家肥相比较，化肥含营养成分比较单一，不能满足植物生长所需的各种养分，而且成本也较高。因此一般在施用时，总是在增施农家肥料的基础上，配合使用化肥，这样可以起到缓急相济、互相补充的作用。
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